自然環境中の微生物は周囲の他の種類の微生物たちと互いに助け合ったり（協力関係）排除し合ったり（競合関係）しながら共存しています。このような異種との関係性（相互作用）は微生物の生き様を理解する上で重要なものですが、そのメカニズムについては未知の部分が多く残されています。我々は実験室内で複数の微生物を混合培養し、それぞれの種の生理や遺伝子発現プロファイル、適応進化動態などを単独存在時と比較解析することで、多種多様な種間相互作用の作用・応答機構を解明するとともに、相互作用によって誘導される新規微生物機能の探索を進めています。特に、病原菌の薬剤耐性化に関わる相互作用や被食ー捕食系における群集・進化動態を決定づける相互作用に注目して研究を進めており、耐性菌の出現・拡大の防除や生物群集の挙動の理解に向けた基盤的知見を得ることを目指しています。