上述したように私たちの研究グループでは、昆虫や魚類の腸管内、水田や畑地などの農地土壌、砂漠、極地環境、陸域地下圏、植物根圏、混合培養系、都市下水・産業廃水処理プロセスなど幅広い自然・人工環境を対象とした16S rRNA遺伝子情報に基づく菌叢解析やメタゲノム情報に基づく全遺伝子を網羅した代謝機能解析に関する知見とノウハウを有しており、それを活かして公的研究プロジェクトや民間企業との共同研究を推進しています。ゲノム解析や菌叢解析等の微生物情報科学により生物圏エコシステムを遺伝子レベルで理解することで、持続可能な循環型社会に適合する農水産物生産技術、廃水や廃棄物の効率的な処理や再利用技術、微生物の代謝機能や遺伝子資源をフル活用したバイオものづくり技術等の知的基盤を創出し、産業エコシステムの高度化に貢献することを目標としています。