ライブラリー化した微生物の中から、系統学的に極めて新規性の高い菌株やユニークな機能を有する菌株について次世代シーケンサー等を利用したゲノム解析を実施し、遺伝情報の収集と有用な生物機能の発掘と解明を進めています（新門細菌Gemmatimonas aurantiaca、新門細菌Armatimonas rosea、新綱細菌Anaerolinea thermophila、ポリリン酸蓄積細菌Microlunatus phosphovorus等）。

　また、微生物間の相互作用（Quorum Sensing）や相互作用の遮断（Quorum Quenching）に関する研究を進めています。これまでに、微生物間コミュニケーションを媒介するシグナル物質を分解し、微生物間コミュニケーションを遮断する新規酵素の取得に成功しています。中でも、多剤耐性菌から単離したシグナル物質分解酵素は、微生物間コミュニケーションの遮断に関わるだけではなく、同時に抗生物質をも分解することで宿主細菌の抗生物質耐性能にも寄与するという新機能（両機能性）を発見しました。このように、配列情報だけでは見えてこなかった未知酵素の機能解析を通じて、新たな生命現象の解明に取り組むとともに、産業利用に資する有用酵素の探索にも着手しています。

　未知・未培養微生物ならびに産業上有用な未利用生物資源の機能解明を行い、有用生物資源のライブラリー化と技術開発の提供を行っています。例えば、難培養微生物をソースとしている「新規微生物ライブラリー」やその他研究活動によって見出された「高付加価値な微生物や酵素、生理活性物質」等を活用して、民間企業や大学等と共同研究を実施し、新たなバイオ製品やバイオ技術の開発において成果を挙げています。